Publications
International Journals
(SCIE) Jimin Cha, Tae-Gyun Kim, Euihyun Bhae, Ho-Jin Gwak, Youngae Jung, Sungmin Moon, Taehyun Kim, Wuseong Lee, Jung Sun Park, Youn Wook Chung, Yong-Kook Kang, Geum-Sook Hwang, Mina Rho, Ji-Hwan Ryu, Skin microbe-dependent TSLP-ILC2 priming axis in early life is co-opted in allergic inflammation, Cell Host & Microbe, 32, 1-17, Feb., 2024
(SCIE) Jieun Kim, Youna Cho, Suk-Kyung Lim, Mi-ran Seo, Bongyoung Kim, Dongjun Kim, Mina Rho, Hyunjoo Pai, Comparative analyses of the fecal resistome against β-lactam and quinolone antibiotics among humans and livestock using metagenome sequencing, Scientific Reports, 13: 20993, Nov., 2023
(SCIE) Ho-Jin Gwak, Hyeona Lee, Jae Yeong Jeong, Mina Rho, Seok Hyun Cho, Antibiotic sensitivity and nasal microbiome in patients with acute rhinosinusitis, Laryngoscope, 37578199, Aug., 2023
(SCIE) Hyunjoon Kim, Yunyoung Choi, Kunsoo Park, Xuemin Lin, Seok-Hee Hong, Wook-Shin Han, Fast subgraph query processing and subgraph matching via static and dynamic equivalences, The VLDB Journal, 32, 343–368, Jun., 2023
(SCIE) Yunyoung Choi, Kunsoo Park, Hyunjoon Kim, BICE: Exploring Compact Search Space by Using Bipartite Matching and Cell-Wide Verification, Proceedings of the VLDB Endowment, 16.9, 2186-2198, May., 2023
(SCIE) Yoonsung Joh, Kangbae Lee, Hyunwoo Kim, Heejin Park, Progressive search in tandem mass spectrometry, BMC Bioinformatics, 24(1), 1-16, Mar., 2023
(SCIE) Hwanjin Joo, Hyunuk Eom, Youna Cho, Mina Rho, and Woon Ju Song, Discovery and Characterization of Polymyxin-Resistance Genes pmrE and pmrF from Sediment Microbiome, Microbiology Spectrum, 1(1):e02736-22, 1-12, Jan., 2023
(SCIE) Sangjeong Lee, Heejin Park, Hyunwoo Kim, False discovery rate estimation using candidate peptides for each spectrum, BMC Bioinformatics, 23(1), 454, Nov., 2022
(SCIE) Youna Cho, Jieun Kim, Hyunjoo Pai, Mina Rho, Deciphering resistome in patients with chronic obstructive pulmonary diseases and Clostridium difficile infections Frontiers in microbiology, 13:919907, Aug., 2022
(SCIE) Ho-Jin Gwak, Mina Rho, ViBE: a deep learning model to classify viruses using metagenome sequencing data Briefings in Bioinformatics, 23(4), 1-13, Jun., 2022
(SCIE) Yushim Kim, Kangbae Lee, Seong Soo Oh, Heejin Park, Effectiveness of Emergent Ad Hoc Coordination Groups in Public Health Emergencies, Risk Analysis, 42(1), 5-20, Jan., 2022
(SCIE) Sangjeong Lee, Heejin Park, Hyunwoo Kim, Comparison of false-discovery rates of various decoy databases, Proteome Science, 19(1), 1-7, Sep., 2021
(SCIE) Seong Ji Choi, Yeseul Kim, Jehyun Jeon, Ho-Jin Gwak, Mimi Kim, Kyojin Kang, Yohan Kim, Jaemin Jeong, Yun Kyung Jung, Kyeong Geun Lee, Seong Ji Choi, Ho Soon Choi, Dong-Hwan Jung, Sung-Gyu Lee, Yangsoon Lee, Su-Jin Shin, Kiseok Jang, Mina Rho, Dongho Choi, Association of microbial dysbiosis with gallbladder diseases identified by bile microbiome profiling, Journal of korean medical science, 36(28):e189, Jul., 2021
(SCIE) Jieun Kim, Kye-Yeung Park, Hoon-Ki Park, Hwan-Sik Hwang, Mi-Ran Seo, Bongyoung Kim,Youna Cho, Mina Rho, Hyunjoo Pai, High fecal carriage of blaCTX-M, blaCMY-2, and plasmid-mediated quinolone resistance genes among healthy Korean people in a metagenomic analysis, Scientific Reports, 11:5874, May., 2021
(SCIE) Ho-Jin Gwak, Seung Jae Lee, Mina Rho, Application of computational approaches to analyze metagenomic data, Journal of Microbiology, 59:3, 233-241, Feb., 2021
(SCIE) Eliza Dhungel, Yassin Mreyoud, Ho-Jin Gwak, Ahmad Rajeh, Mina Rho, and Tae-Hyuk Ahn, MegaR: An Interactive R Package for Rapid Sample Classification and Phenotype Prediction using Metagenome Profiles and Machine Learning, BMC bioinformatics, 22:25, Jan., 2021
(SCIE) Ho-Jin Gwak, Mina Rho, Data-driven modeling for species-level taxonomic assignment from 16S rRNA: Application to human microbiomes, Frontiers in microbiology, 11, Nov., 2020
(SCIE) Jieun Kim, Youna Cho, Mi-Ran Seo, Mi Hyun Bae, Bongyoung Kim, Mina Rho, Hyunjoo Pai, Quantitative characterization of Clostridioides difficile population in the gut microbiome of patients with C. difficile infection and their association with clinical factors, Scientific Reports, 10:17608, Oct., 2020
(SCIE) Suk-Kyung Lim, Dongjun Kim, Dong-Chan Moon, Youna Cho, Mina Rho, Antibiotic resistomes discovered in the gut microbiomes of swine and cattle, GigaScience, 9(5), May., 2020
(SCIE) Youn Wook Chung, Ho-Jin Gwak, Sungmin Moon, Mina Rho, JiHwan Ryu, Functional dynamics of bacterial species in the mouse gut microbiome revealed by metagenomic and metatranscriptomic analyses, PLoS One, 15(1):e0227886, Jan., 2020
(SCIE) Hyunwoo Kim, Sangjeong Lee, Heejin Park, Target-small decoy search strategy for false discovery rate estimation, BMC Bioinformatics, 20(1), 1-6, Aug., 2019
(SCI) Dong-Gi Mun, Jinhyuk Bhin, Sangok Kim, Hyunwoo Kim, Jae Hun Jung, Yeonjoo Jung, Ye Eun Jang, Jong Moon Park, Hokeun Kim, Yeonhwa Jung, Hangyeore Lee, Jingi Bae, Seunghoon Back, Su-Jin Kim, Jieun Kim, Heejin Park, Honglan Li, Kyu-Baek Hwang, Young Soo Park, Jeong Hwan Yook, Byung Sik Kim, Sun Young Kwon, Seung Wan Ryu, Do Youn Park, Tae Yong Jeon, Dae Hwan Kim, Jae-Hyuck Lee, Sang-Uk Han, Kyu Sang Song, Dongmin Park, Jun Won Park, Henry Rodriguez, Jaesang Kim, Hookeun Lee, Kwang Pyo Kim, Eun Gyeong Yang, Hark Kyun Kim, Eunok Paek, Sanghyuk Lee, Sang-Won Lee and Daehee Hwang, Proteogenomic Characterization of Human Early-Onset Gastric Cancer, Cancer Cell, 35(1), 111-124, Jan., 2019
(SCI) Junwoo Bae, Kyeong Won Lee, Mohammad Nazrul Islam, Hyung-Soon Yim, Heejin Park and Mina Rho, iMGEins: detecting novel mobile genetic elements inserted in individual genomes, BMC genomics, 19(1), 944, Dec., 2018
(SCI) Joong Chae Na, Hyunjoon Kim, Seunghwan Min, Heejin Park, Thierry Lecroq, Martine Leonard, Laurent Mouchard, Kunsoo Park, FM-index of Alignment with Gaps, Theoretical Computer Science, 710, 148-157, Feb., 2018
(SCIE) Hosung Jo and Heejin Park, Fast prime number generation algorithms on smart mobile devices, Cluster Computing, 20(3), 2167-2175, Sep., 2017
(SCI) Youngho Kim, Joong Chae Na, Heejin Park, Jeong Seop Sim, A space-efficient alphabet-independent Four-Russians’ lookup table and a multithreaded Four-Russians’ edit distance algorithm, Theoretical Computer Science, 656, 173-179, Dec., 2016
(SCIE) DongKyue Kim, Piljoo Choi, Mun-Kyu Lee, and Heejin Park, Design and Analysis of Efficient Parallel Hardware Prime Generators, Journal of Semiconductor Technology and Science, 16(5), 564-581, Oct., 2016
(SCI) Joong Chae Na, Hyunjoon Kim, Heejin Park, Thierry Lecroq, Martine Leonard, Laurent Mouchard, Kunsoo Park, FM-index of alignment: A compressed index for similar strings, Theoretical Computer Science, 638, 159-170, Jul., 2016
(SCI) Hyunwoo Kim, Hosung Jo, Heejin Park and Eunok Paek, HiXCorr: a portable high-speed XCorr engine for high-resolution tandem mass spectrometry, Bioinformatics, 31(24), 4026-4028, Dec., 2015.
(SCI) Hyunwoo Kim, Heejin Park and Eunok Paek, NextSearch: A Search Engine for Mass Spectrometry Data against a Compact Nucleotide Exon Graph, Journal of Proteome Research, 14(7), 2784-2791, May, 2015.
(SCIE) Hosung Jo and Heejin Park, Probabilistic Analysis on JPV Algorithm and Improving It using GCD Function, Applied Mathematics & Information Sciences, 9(2L), 535-542, Apr., 2015.
(SCI) Heejin Park, Junwoo Bae, Hyunwoo Kim, Sangok Kim, Hokeun Kim, Dong-Gi Mun, Yoonsung Joh, Wonyeop Lee, Sehyun Chae, Sanghyuk Lee, Hark Kyun Kim, Daehee Hwang, Sang-Won Lee and Eunok Paek, Compact variant-rich customized sequence database and a fast and sensitive database, PROTEOMICS, 14(23-24), 2742-2749, Dec., 2014.
(SCI) Taehyung Lee, Joong Chae Na, Heejin Park, Kunsoo Park, Jeong Seop Sim, Finding Consensus and Optimal Alignment of Circular Strings, Theoretical Computer Science, 468, 92-101, Jan., 2013.
(SCI) Jin Wook Kim, Sunho Lee, Kunsoo Park, Seungjin Na, Eunok Paek, Hyung Seo Park, Heejin Park, Kong-Joo Lee, Jaeho Jeong, and Hwa-Young Kim, Monoisotopic Mass Determination Algorithm for Selenocysteine-containing Polypeptides from Mass Spectrometric Data based on Theoretical Modeling of Isotopic Peak Intensity Ratios, Journal of Proteome Research, 11(9), 4488-4498, Sep., 2012.
(SCI) Amihood Amir, Gad M. Landau, Joong Chae Na, Heejin Park, Kunsoo Park, Jeong Seop Sim, Efficient Algorithms for Consensus String Problems Minimizing Both Distance Sum and Radius, Theoretical Computer Science, 412(39), 5239-5246, Sep., 2011.
(SCIE) Heejin Park, Dong Kyue Kim, Probabilistic Analysis on the Optimal Combination of Trial Division and Probabilistic Primality Tests for Safe Prime Generation, IEICE transactions on Information, E94-D(6), June, 2011.
Kunsoo Park, Heejin Park, Woo-Chul Jeun, Soonhoi Ha, Boolean Circuit Programming: A New Paradigm to Design Parallel Algorithms, Journal of Discrete Algorithms, 7(2), 267-277, June, 2009.
(SCI) Seungjin Na, Jaeho Jeong, Heejin Park, Kong-Joo Lee, Eunok Paek, Unrestrictive Identification of Multiple Post-translational Modifications from Tandem Mass Spectrometry Using an Error-tolerant Algorithm Based on an Extended Sequence Tag Approach, Molecular & Cellular Proteomics 7(12), 2452-2463, Dec., 2008.
(SCI) Dong Kyue Kim, Min whan Kim, Heejin Park, Linearized Suffix Tree: An Efficient Index Data Structure with the Capabilities of Suffix Trees and Suffix Arrays, Algorithmica, 52(3), 350-377, Nov., 2008.
(SCI) Kunsoo Park, Joo Yoon, Sunho Lee, Eunok Paek, Heejin Park, Hee-Jung Jung, Sang-Won Lee, Isotopic Peak Intensity Ratio Based Algorithm for Determination of Isotopic Clusters and Monoisotopic Masses of Polypeptides from High Resolution Mass Spectrometric Data, Analytical Chemistry, 80(19), 7294-7303, Oct. 1, 2008.
Phillip G. Bradford, Sunju Park, Michael H. Rothkopf, Heejin Park, Protocol Completion Incentive Problems in Distributed Cryptographic Vickery Auctions, Electronic Commerce Research, 8, 57-77, June, 2008.
(SCI) Seung-Hwan Lim, Heejin Park, Sang-Wook Kim, Using Multiple Indexes for Efficient Subsequence Matching in Time-Series Databases, Information Sciences, 177, 5691-5706, Dec., 2007.
(SCI) Sangtae Kim, Seungjin Na, Ji Woong Sim, Heejin Park, Jaeho Jeong, Hokeun Kim, Younghwan Seo, Jawon Seo, Kong-Joo Lee, Eunok Paek, Modi, A Powerful and Convenient Web Server for Identifying Multiple Post-translational Peptide Modifications from Tandem Mass Spectra, Nucleic Acids Research, 34, W258-W263, July, 2006.
Dong Kyue Kim, Jeong Seop Sim, Heejin Park, Kunsoo Park, Constructing Suffix Arrays in Linear Time, Journal of Discrete Algorithms, 3, 126-142, June, 2005.
(SCI) Heejin Park, Kunsoo Park, Yookun Cho, Deleting Keys of B-trees in Parallel, Journal of Parallel and Distributed Computing, 64(9), 1041-1050, Sep., 2004.
Sangtae Kim, Jeong Seop Sim, Heejin Park, Kunsoo Park, Hyunseok Park, Jeong-sun Seo, A Heuristic Algorithm to Find All Normalized Local Alignments above a Threshold, Genomics and Informatics, 1(1), 26-32, Sep., 2003.
(SCI) Heejin Park, Kunsoo Park, Parallel Algorithms for Red-black trees, Theoretical Computer Science, 262, 415-435, July, 2001.
(SCI) Heejin Park, Kunsoo Park, Yookun Cho, Analysis of the Variable Length Nonzero Window Method for Exponentiation, Computers & Mathematics with Applications, 37(7), 21-29, Apr., 1999.
Domestic Journals
조윤성, 박희진, 확률 모델을 이용한 탠덤 질량 스펙트럼 FDR 기법, 한국차세대컴퓨팅학회 논문지, 제19권 제5호, 77-87, 2023년 10월.
배준우, 노미나, 박희진, Transformer 모델을 이용한 NGS 빅 데이터의 SNP/Indel 탐색, 한국차세대컴퓨팅학회 논문지, 재19권 제4호, 29-35, 2023년 8월.
한소은, 강윤석, 고윤용, 안지원, 김유심, 오성수, 박희진, 김상욱, CoAID+: 소셜 컨텍스트 기반 가짜뉴스 탐지를 위한COVID-19 뉴스 파급 데이터, 정보처리학회논문지 소프트웨어 및 데이터 공학, 제 11권 제4호, 149-156, 2022년 4월
조호성, 이지호, 박희진, 오일러체를 적용한 소수와 안전소수의 생성법 제안과 분석, 전기전자학회논문지, 제23권 제2호, 438-447, 2019년 6월.
김선범, 배준우, 박희진, 딥러닝 알고리즘을 이용한 문서의 인코딩 및 언어 판별, 한국차세대컴퓨팅학회 논문지, 제13권 제5호, 124-130, 2017년 10월.
배준우, 김선범, 박희진, 오류가 발생한 멀티바이트 인코딩 데이터의 인코딩 기법 판별 알고리즘 개선, 한국차세대컴퓨팅학회 논문지, 제13권 제2호, 18-25, 2017년 4월.
김창기, 조호성, 박희진, 나눗셈 테이블을 이용한 소수 및 안전소수 생성법의 확률적 분석, 한국차세대컴퓨팅회 논문지, 제 12권 제6호, 82-91, 2016년 12월.
김현우, 박희진, 탠덤 질량 스펙트럼에서 추출된 갭 태그를 단백질 데이터베이스에서 검색하는 효율적인 알고리즘, 한국차세대컴퓨팅학회 논문지, 제 12권 제3호, 95-104, 2016년 6월.
조호성, 오성일, 이인복, 박희진, 나중채, Snort 기반 탐지 규칙의 유사성 분석 프로그램 개발 및 활용, 한국차세대컴퓨팅학회 논문지, 제 11권 제 1호, 32-43, 2015년 2월.
이선호, 김진욱, 박근수, 백은옥, 박희진, Selenocysteine을 포함한 폴리펩티드의 단동위질량을 결정하는 알고리즘의 실험적 분석, 정보과학회논문지 : 컴퓨팅의 실제 및 레터, 제19권 제5호, 235-241, 2013년 5월.
이상철, 이순행, 박희진, 김상욱, 효과적인 중복 포스트 검출 기법, 한국정보과학회논문지: 컴퓨팅의 실제 및 레터 제 17권 제2호, 83-88, 2011년 2월.
조호성, 박희진, JPV 소수 생성 알고리즘의 확률적 분석 및 성능 개선, 한국정보과학회논문지, 제 35권 제1·2호, 75-83, 2008년 2월.
임승환, 김상욱, 박희진, 시계열 서브시퀀스 매칭을 위한 최적의 다중 인덱스 구성 방안, 한국정보과학회논문지, 제 33권 제2호, 201-213, 2006년 4월.
김도한, 박희진, 백은옥, 와일드카드 문자를 포함하는 스트링 데이터 사이의 포함관계 확인을 위한 효율적인 알고리즘, 한국정보과학회논문지, 제 32권 제9.10호, 475-482, 2005년 10월.
전정은, 박희진, 김동규, 써픽스 배열 합병을 이용한 일반화된 써픽스 배열의 효율적인 구축 알고리즘, 한국정보과학회논문지, 제 32권 제 5.6호, 268-278, 2005년 6월.
심정섭, 김동규, 박희진, 박근수, 접미사 배열을 이용한 선형시간 탐색, 한국정보과학회논문지, 제 32권 제5.6호, 255-259, 2005년 6월.
박희진, 접미사 배열 생성 과정에서 구간 최소값 위치를 상수 시간에 찾기 위한 효율적인 자료구조, 한국정보과학회논문지, 제 31권 제3.4호, 145-151, 2004년 4월.
박희진, 박근수, 조유근, 윈도우 방법과 인수 방법을 혼합한 빠른 멱승 알고리즘, 한국통신정보보호학회논문지, 제10권 제4호, 73-79, 2000년 12월.
International Conferences
Ho-Jin Gwak, Mina Rho, DeepCOI: a hierarchical multi-label classifier for animal COI metabarcode classification through sequence embedding with a pre-trained language model, ISMB/ECCB 2023, July, 2023.
Soeun Han, Yunyong Ko, Yushim Kim, Seong Soo Oh, Heejin Park, Sang-Wook Kim, D-FEND: a diffusion-based fake news detection framework for news articles related to COVID-19, Proceedings of the 37th ACM/SIGAPP Symposium on Applied Computing, April 25-29, 2022.
Ho-Jin Gwak, Mina Rho, Transformer-based embedding applied to classify bacterial species using sequencing reads, 2022 IEEE International Conference on Big Data and Smart Computing (BigComp), January 17, 2022
Yushim Kim, Kangbae Lee, Seong Soo Oh, Heejin Park, Effect of an Emergent Group on Network Efficiency in a Public Health Emergency Response: Case of 2015 MERS-CoV in Korea, The Society for Risk Analysis – European Conference 2021 (SRA-E 2021), June 14-16, 2021.
Hyungjun Oh, Bongki Cho, Changdae Kim, Heejin Park, Jiwon Seo, AniFilter: parallel and failure-atomic cuckoo filter for non-volatile memories, EuroSys '20: Proceedings of the Fifteenth European Conference on Computer Systems, April 27-30, 2020.
Hyunwoo Kim, Heejin Park and Eunok Paek, NextSearch: A search engine for mass spectrometry data against a compact nucleotide exon graph, ISMB/ECCB2015, July, 2015.
Hyunwoo Kim, Heejin Park and Eunok Paek, NEXTSearch: Discovery of novel transcripts using nucleotide-based splice graphs, Human Proteome Organization (HUPO), Oct. 5-8, 2014.
Hyunwoo Kim, Heejin Park, Eunok Paek, ExonGraph: Discovery of novel transcripts using nucleotide-based splice graphs, 4th Asia Pacific Protein Assocation (APPA 2014), May 17-20, 2014.
Hosung Jo and Heejin Park, Performance Analysis and Improvement of JPV Primality test for Smart IC Cards, International Conference on Big Data and Smart Computing, January 15-17, 2014.
Joong Chae Na, Heejin Park, Sunho Lee, Minsung Hong, Thierry Lecroq, Laurent Mouchard, Kunsoo Park, Suffix Array of Alignment: A Practical Index for Similar Data, 20th String Processing and Information Retrieval Symposium (SPIRE 2013), Oct. 7-9, 2013.
Junwoo Bae, Soohan Ahn, Daehee Hwang, Sanghyuk Lee, Sangwon Lee, Heejin Park, Eunok Paek, Shotgun Proteomics Data Analysis Using Personalized Protein Sequence Database Built from RNA-Seq Results from the Same Sample, Human Proteome Organization 12th Annual World Congress (HUPO 2013), Sep. 14-18, 2013.
Joong Chae Na, Heejin Park, Maxime Crochemore, Jan Holub, Costas S. Iliopoulos, Laurent Mouchard, and Kunsoo Park, Suffix Tree of Alignment: An Efficient Index for Similar Data, International Workshop On Combinatorial Algorithms (IWOCA 2013), July 10-12, 2013.
Jin Wook Kim, Sunho Lee, Kunsoo Park, Seungjin Na, Eunok Paek, Hyung Seo Park, Heejin Park, Kong-Joo Lee, Jaeho Jeong and Hwa-Young Kim, Monoisotopic Mass Determination Algorithm for Selenocysteine-containing Polypeptides from Mass Spectrometric Data based on Theoretical Modeling of Isotopic Peak Intensity Ratios, The 15th Japan-Korea Joint Workshop on Algorithms and Computation(WAAC), July 10 ? 11, 2012.
Hosung Jo and Heejin Park, Analyzing and Optimizing the Combined Primality test with GCD Operation on Smart Mobile Devices, The 1st International Conference on Software Technology, May 29-31, 2012.
H. Park, S. Lee, S. Lee, and S. Kim, CentralMatch: A Fast and Accurate Method to Identify Blog-Duplicates, The 2010 IEEE/WIC/ACM International Conference on Web Intelligence (WI-10), Aug 31 ? Sep 3, 2010.
T. Lee, J. Na, H. Park, K. Park and J. Sim, Finding Optimal Alignment and Consensus of Circular strings, Combinatorial Pattern Matching, LNCS 6129:310-322, June 21-23, 2010.
A. Amir, G. Landau, J. Na, H. Park, K. Park and J. Sim, Finding Optimal Consensus Problems over Hamming Distance Sum and Radius, The 3rd Annual Meeting of Asian Association for Algorithms and Computation, April. 17-19, 2010.
H. Jo, T. Lee, H. Park and E. Paek, Computing Cross-Correlation of SEQUEST in Linear Time, RECOMB Satellite Conference on Computational Proteomics, Mar. 26-28, 2010.
A. Amir, G. Landau, J. Na, H. Park, K. Park and J. Sim. Consensus Optimizing Both Distance Sum and Radius, String Processing and Information Retrieval, LNCS 5721:234-242, Aug. 25-27, 2009.
H. Jo, T. Lee, H. Park, E. Peak, Linear Time Computation of Cross-Correlation in SEQUEST, Korea-Japan Joint Workshop on Algorithms and Computation, 30-35, Jul. 4-5, 2009.
K. Park, J. Yoon, S. Lee, E. Paek, H. Park, S. Lee, and H. Jung, RAPID: Fast and Accurate Determination of Monoisotopic Masses of Polypeptides, The 2nd Annual Meeting of Asian Association for Algorithms and Computation, April. 2009.
H. Jo, H. Lee, K. Chun and H. Park, Interoperability and Anonymity for ID Management Systems, International Conference On Advanced Communication Technology, 1257-1260, Feb. 15-18, 2009.
H. Jo and H. Park, Analysis and Optimization of Primality test Combining GCD Operation and Miller-Rabin test, Korea-Israel Joint Workshop on Pattern Matching and Stringology, Aug. 13-14, 2008.
I. Choi and H. Park, Improving Decon2ls Peak Picking, Korea-Israel Joint Workshop on Pattern Matching and Stringology, Aug. 13-14, 2008.
K. Park, J. Y. Yoon, S. Lee, E. Paek, H. Park, H. Jung and S. Lee, Fast and Accurate Determination of Isotopic Clusters and Monoisotopic Masses of Polypeptides, Korea-Israel Joint Workshop on Pattern Matching and Stringology, Aug. 13-14, 2008.
T. Lee and H. Park, Linear Time Computation of Cross-correlation in SEQUEST, Korea-Israel Joint Workshop on Pattern Matching and Stringology, Aug. 13-14, 2008.
H. Jo and H. Park Analysis and Optimization of Primality test Combining GCD Operation and Miller-Rabin test, Korea-Japan Joint Workshop on Algorithms and Computation, 21-27, July 19-20, 2008.
O. Kwon, S. Na, H. Park, and E. Paek, MslViewer: Mass Calibration Visualize Viewer, HUPO 6th Annual World Congress, Oct. 6-10, 2007.
Y. Cheon, S. Na, H. Park, S. H. Kang, and E. Paek, Unidrawing2msl: Mass Error Analyzer, HUPO 6th Annual World Congress, Oct. 6-10, 2007.
K. Park, J.Y. Yoon, S. Lee, E. Paek, H. Park and S.W. Lee, Fast and Accurate Determination of Isotopic Clusters and Monoisotopic masses of Polypeptides from Fourier Transform Mass Spectra, 55th ASMS Conference on Mass Spectrometry, June 3-7, 2007.
Chi Seong Park, Minhwan Kim, Heejin Park, Dong Kyue Kim, Comparisons of Practical Performance for Constructing Compressed Suffix Arrays, Korea-Japan Joint Workshop on Algorithms and Computation, July 4-5, 2006.
Seung-Hwan Lim, Hee-jin Park, Sang-Wook Kim, Using Multiple Indexes for Efficient Subsequence Matching in Time-Series Databases, DASFAA, LNCS 3882:65-79, Apr, 2006.
Sangtae Kim, SeungJin Na, Heejin Park, Eunok Paek, MassPective: A Graphical Tool to Validate Posttranslational Modification Identification from Tandem Mass Spectra , HUPO 4th Annual World Congress, Aug 28- Sep 1, 2005.
Heejin Park, Dong Kyue Kim, Probabilistic Analyses of Safe Prime Generation, Korea-Japan Joint Workshop on Algorithms and Computation, 135-141, Aug 12-13, 2005.
Dong Kyue Kim, Heejin Park, The Linearized Suffix Tree and its Succinct Representation, Korea-Japan Joint Workshop on Algorithms and Computation, 51-58, Aug 12-13, 2005.
Dong Kyue Kim, Heejin Park, A New Compressed Suffix Tree Supporting Fast Search and its Construction Algorithm Using Optimal Working Space, Combinatorial Pattern Matching, LNCS 3537:33-44, June, 2005.
SeungJin Na, Sangtae Kim, Heejin Park, Eunok Paek, MassPective: a graphical tool for peptide and post-translational modification identification from tandem mass spectra, International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, June, 2005.
Heejin Park, Sang Kil Park, Ki-Ryong Kwon, Dong Kyue Kim, Probabilistic Analyses on Finding Optimal Combinations of Primality Tests in Real Applications, Information Security Practice and Experience Conference, LNCS 3439:74-84, April, 2005.
Dong Kyue Kim, Jeong Eun Jeon, Heejin Park, An Efficient Index Data Structure with the Capabilities of Suffix Trees and Suffix Arrays for Alphabets of Non-Negligible Size, String Processing and Information Retrieval, LNCS 3246:138-149, Oct, 2004.
Sangtae Kim, Heejin Park, Kong-Joo Lee, Eunok Paek, A Sequence Tag Approach to Identify Multiple Peptide Modifications from Tandem Mass Spectra, HUPO 3rd Annual World Congress, Oct 25-28, 2004.
Sangtae Kim, Heejin Park, Eunok Paek, An Effective Approach for the Interpretation of Tandem Mass Spectra to Identify Peptide Modifications, International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, July.31-August. 4, 2004.
Kunsoo Park, Heejin Park, Woo-Chul Jeun, Soonhoi Ha, Boolean Circuit Programming: A New Paradigm to Design Parallel Algorithms, 15th Australasian Workshop on Combinatorial Algorithms, 28-39, July 6-9, 2004.
Dong Kyue Kim, Jeong Eun Jeon, Heejin Park, Merging Suffix Arrays in Linear Time for Integer Alphabets, 15th Australasian Workshop on Combinatorial Algorithms, 129-140, July 6-9, 2004.
Dong Kyue Kim, Junha Jo, Heejin Park, A Fast Algorithm for Constructing Suffix Arrays for Fixed-Size Alphabets, Experimental and Efficient Algorithms, LNCS 3059:301-314, May, 2004.
Heejin Park, An Efficient Implementation of Safe Prime Generation, International Conference on Ubiquitous Computing, 241-243, Oct 20-22, 2003.
Jeong Seop Sim, Dong-Kyue Kim, Heejin Park, Kunsoo Park Linear-time Search in Suffix Arrays, 14th Australasian Workshop on Combinatorial Algorithms, 139-146, July 13-16, 2003.
Dong Kyue Kim, Jeong Seop Sim, Heejin Park, Kunsoo Park, Linear-Time Construction of Suffix Arrays, Combinatorial Pattern Matching, LNCS 2676:186-199, June, 2003.
Sangtae Kim, Jeong Seop Sim, Heejin Park, Kunsoo Park, Hyunseok Park, Jeong-sun Seo, Finding All Normalized Local Alignments above a Threshold, ACM International Conference on Research in Computational Molecular Biology, ACM Press, 103-104, April 18-21, 2002.
Heejin Park, Kunsoo Park, Yookun Cho, Deleting Keys of B-trees in Parallel, IEEE International Parallel and Distributed Processing Symposium, IEEE Computer Society, CD-ROM, April 15-19, 2002.
Heejin Park, Kunsoo Park, Parallel Algorithms for Dictionary Operations on Red-black trees, Korea-Japan Joint Workshop on Algorithms and Computation, 184-197, July 19-20, 1999.
Domestic Conferences
전제현, 이현준, 곽호진, 노미나, Microbial core genes as a taxonomy marker to discriminate species in bacterial genomes and metagenomes, BioInfo2022, 2022.10. A3
조유나, 노미나, Accurately deciphering antibiotic-resistance associated mobile genetic elements with metagenomic sequencing data, BioInfo2022, 2022.10, A5
오해미, 박희진, 딥러닝을 이용한 자연어 처리 기반 작성자 판별 방법, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2022 한국컴퓨터종합학술대회 논문집, 2022.06, 681-683
장희주, 이강배, 박희진, k개의 대체 경로를 고려한 소셜 네트워크 구조 분석 척도 개선, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2022 한국컴퓨터종합학술대회 논문집, 2022.06, 1616-1618
한소은, 강윤석, 고윤용, 안지원, 김유심, 오성수, 박희진, 김상욱, COVID-19 가짜뉴스 탐지를 위한 전파 데이터셋, 한국정보처리학회, 한국정보처리학회 학술대회논문집 28권1호, 2021.05, 312-313
이재경, 배준우, 박희진, 돌연변이 탐지를 위한 트랜스포머 모델과 RNN 모델의 성능비교, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2021 한국소프트웨어종합학술대회 논문집, 2021.12, 563-565
정경건, 배준우, 박희진, NGS 시퀀싱 데이터의 quality control을 위한 딥러닝 모델 개발, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2021 한국소프트웨어종합학술대회 논문집, 2021.12, 578-580
김태훈, 서성빈, 이경준, 이상정, 김현우, 박희진, 전이학습을 이용한 딥러닝 기반의 드노보 펩타이드 서열 분석, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2021 한국소프트웨어종합학술대회 논문집, 2021.12, 1345-1347
황득연, 한승도, 이상정, 김현우, 박희진, 트랜스포머 모델을 활용한 드노보 펩타이드 서열 분석, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2021 한국소프트웨어종합학술대회 논문집, 2021.12, 1351-1353
유혜인, 김태훈, 이강배, 박희진, 소셜 네트워크 구조 분석을 위한 거리 기반 견고성 척도 개선, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2020 한국소프트웨어종합학술대회 논문집, 2020.12, 1608-1610
최홍규, 김형준, 이강배, 박희진, 네트워크 견고성 분석을 위한 스펙트럼 척도 구현 및 적용, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2020 한국소프트웨어종합학술대회 논문집, 2020.12, 1605-1607
민승환, 김현준, 나중채, 박희진, 박근수, 범유전체 인덱스에 대한 최근 연구 실험 분석, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2019 한국컴퓨터종합학술대회 논문집, 2019.6, 1542-1544
이원창, 우효경, 조호성, 박희진, 오일러체를 적용한 안전소수 검사의 분석, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2018 한국소프트웨어종합학술대회 논문집, 2018.12, 2130-2132
한예린, 박윤지, 배준우, 김선범, 박희진, 딥러닝 알고리즘을 이용한 유전체 변이 인델(InDels) 발견, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2018 한국소프트웨어종합학술대회 논문집, 2018.12, 2124-2126
이기준, 이한빛, 배준우, 김선범, 박희진, RNN을 이용한 DNA 조각 조립 순서 판별, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2018 한국소프트웨어종합학술대회 논문집, 2018.12, 2121-2123
김승환, 정민영, 조호성, 박희진, 동적 계획법을 이용한 안전 소수의 효율적 생성 연구, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2018 한국소프트웨어종합학술대회 논문집, 2018.12, 2115-2117
이희준, 김영민, 배준우, 김선범, 박희진, 딥러닝을 이용한 데이터 소실로 인한 훼손된 문서의 복구, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2018 한국소프트웨어종합학술대회 논문집, 2018.12, 2109-2111
김지홍, 송준호, 김유심, 구민영, 오성수, 박희진, 차재혁, 김상욱, MERS 사태에 대한 대응 네트워크 분석, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2018 한국소프트웨어종합학술대회 논문집, 2018.12, 172-174
박태연, 신재근, 배준우, 박희진, 비트가 손실된 데이터의 복구 및 인코딩 판별 알고리즘 개선, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2017 한국소프트웨어종합학술대회 논문집, 2017,12, 1617-1619
서동혁, 고석원, 배준우, 박희진, 최신 기법의 스테가노그래피에 대한 조사, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2017 한국소프트웨어종합학술대회 논문집, 2017,12, 1614-1616
허상민, 정채홍, 배준우, 박희진, 휴리스틱 CNN을 이용한 문서 인코딩 판별, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2017 한국소프트웨어종합학술대회 논문집, 2017,12, 1605-1607
김선범, 배준우, 박희진, Deep learning을 이용한 치환에 의해 변조된 문서의 인코딩 및 언어 판별, 한국컴퓨터종합학술대회 논문집, 2017.6, 1580-1582
김창기, 조호성, 박희진, 나눗셈 테이블을 이용한 소수 및 안전소수 생성법의 확률적 분석, 한국차세대컴퓨팅학회, 2016년 한국차세대컴퓨팅학회 논문지, 제 12권 제 6호, 82-91, 2016년 12월
안효상, 윤장호, 조호성, 박희진, 빠른 소수 판별을 위한 소수 검사법들의 최적 조합 방법에 대한 연구, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2016년 동계학술대회 논문집, 2016.12, 1806-1808
정현학, 배준우, 박희진, 누락된 데이터의 인코딩 판별 알고리즘 성능 분석, 한국정보과학회, 2016년 한국컴퓨터종합학술대회 논문집, 2016.6, 1703-1705
이경행, 김진의, 조호성, 박희진, 스마트 모바일 장치에서 m-bit GCD 소수생성 알고리즘의 성능 비교 및 분석, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2016년 한국컴퓨터종합학술대회 논문집, 2016.6, 1700-1702
이강배, 조윤성, 박희진, 지속적인 데이터베이스 업데이트에 효율적인 탠덤 질량 스펙트럼 분석 알고리즘, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2016년 한국컴퓨터종합학술대회 논문집, 2016.6, 1706-1708
김현준, 민승환, 나중채, 박희진, 박근수, 유전체 데이터에 대한 배치 FM-인덱스의 실험적 분석, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2016년 한국컴퓨터종합학술대회 논문집, 2016.6, 1697-1699
송종근, 조윤성, 조호성, 박희진, 소수와 안전소수 생성알고리즘에서 난수생성횟수의 정확도 분석 및 실험, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2015년 한국컴퓨터종합학술대회 논문집, 2015.12, 1615-1617
홍도형, 배준우, 박희진, 악성코드 탐지규칙의 변형패턴 분석, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2015년 동계학술발표회 논문집, 2015.12, 1653-1655
김동혁, 조호성, 박희진, K-medians 클러스터링과 Elbow method를 이용하여 정확도가 향상된 Snort rule classifier, 한국정보과학회, 2015년 동계학술발표회 논문집, 2015.12, 1400-1402
김현우, 박희진, 백은옥, NextSearch: 염기 엑손 그래프 기반 탠덤 질량 스펙트럼 탐색 엔진, KCC2015, 6권, 960-962, 6월 2015년
김혜미, 조호성, 박희진, Snort에서 편집거리를 이용하여 탐지규칙을 추가하고 분류하는 도구 개발, 한국정보과학회, 2014한국정보과학회 제 41회 정기총회 및 동계학술발표회, 1228-1230, 12월 2014
김창기, 김대윤, 조호성, 박희진, 스마트 모바일 장치에서 나눗셈 테이블을 이용하는 안전소수 생성법의 확률적 분석, 한국정보과학회, 2014한국정보과학회 제 41회 정기총회 및 동계학술발표회, 1308-1310, 12월 2014
최승혁, 이승현, 김현우, 박희진, 백은옥, 엑손 그래프에서 길이가 긴 펩티드를 검색하기 위한 효율적인 인덱싱, 한국정보과학회, 2014한국정보과학회 제 41회 정기총회 및 동계학술발표회, 1519-1521, 12월 2014
김민서, 조호성, 박희진, Snort 탐지규칙 중복 최소화를 위한 탐지규칙의 분석 및 분류 모델 개발, 한국정보과학회, 2014한국정보과학회 제 41회 정기총회 및 동계학술발표회, 1657-1659, 12월 2014
박희진, 김근태, 원동옥, 이성환, 스마트 TV 제어를 위한 거리 변화에 따른 안정 상태 시각 유발 전위 분석, 한국정보과학회, 2014한국정보과학회 제 41회 정기총회 및 동계학술발표회, 509-511, 12월 2014
배준우, 김현우, 이원엽, 백은옥, 박희진, 더 많은 변이 펩티드를 포함하고 공간 효율적인 개인화 단백질 데이터베이스 구축 알고리즘, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2014 한국컴퓨터종합학술대회 논문집, 1597-1599, 6월 2014
조윤성, 김현우, 황규백, 박희진, 백은옥, 공유 펩티드를 이용한 단백질 정량, 한국정보과학회, 2013 한국정보과학회 제40회 정기총회 및 추계학술발표회, 208-210, 11월 2013
정진훤, 김현우, 박희진, 오현옥, 백은옥, 하둡을 이용한 MODa의 병렬화 및 최적화, 한국정보과학회, 2013 한국정보과학회 제40회 정기총회 및 추계학술발표회, 655-657, 11월 2013
강진택, 김현우, 박희진, 백은옥, 단백질 DB에서 분할된 갭의 크기로 태그를 검색하는 동적 검색 알고리즘, 한국정보과학회, 2013 한국정보과학회 제40회 정기총회 및 추계학술발표회, 732-734, 11월 2013
곽재호, 박종찬, 김현우, 박희진, 백은옥, 질량 스펙트럼에서 효율적인 Peak Picking을 위한 FWHM과 m/z의 상관관계와 특성에 관한 연구, 한국정보과학회, 2013 한국정보과학회 제40회 정기총회 및 추계학술발표회, 735-737, 11월 2013
조호성, 박희진, 나눗셈 테이블을 이용하는 순차 난수 생성법의 확률적 분석, 한국정보과학회, 2013 한국정보과학회 제40회 정기총회 및 추계학술발표회, 1330-1332, 11월 2013
최상준, 김정진, 조호성, 박희진, GCD 함수를 이용하여 스마트 모바일 장치에 적합한 효율적인 소수 검사법의 비교 및 분석, 한국정보과학회, 2013 한국정보과학회 제40회 정기총회 및 추계학술발표회, 1336-1338, 11월 2013
강진택, 김현우, 박희진, 백은옥, 두 아미노산 사이에 갭을 포함하는 태그를 효율적으로 단백질 DB에서 검색하는 알고리즘, 한국정보과학회, 2013 한국정보과학회 제40회 정기총회 및 추계학술발표회, 1339-1341, 11월 2013
안수한, 김현우, 박희진, 백은옥, 탠덤 질량 스펙트럼에서 2-PTM 검색을 위한 효율적인 알고리즘, 한국정보과학회, 2013 한국정보과학회 제40회 정기총회 및 추계학술발표회, 1342-1344, 11월 2013
홍민성, 이선호, 박근수, 나중채, 박희진, 유전체 데이터에 대한 배치 접미사 배열의 실험적 분석, 한국정보과학회, 2013 한국정보과학회 제40회 정기총회 및 추계학술발표회, 1348-1350, 11월 2013
정진훤, 김현우, 박희진, 오현옥, 백은옥, Target-decoy 검색 방법을 사용할 때 Threshold 값을 구하는 빠른 알고리즘, 한국정보과학회, 2013 한국정보과학회 제40회 정기총회 및 추계학술발표회, 1351-1353, 11월 2013
변민석, 차형찬, 조호성, 박희진, 빠른 동위원소 분포 계산을 위한 LL-알고리즘의 분석과 동위원소비를 고려하는 성능향상법, 한국정보과학회, 2013 한국정보과학회 제40회 정기총회 및 추계학술발표회, 1360-1362, 11월 2013
김웅휘, 권인하, 조호성, 박희진, Snort Rule Optimizer: 최장 공통부분 문자열 알고리즘을 이용하여 Snort 탐지규칙을 효율적으로 최적화하기 위한 도구 개발, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2013 한국컴퓨터종합학술대회 논문집, 756-758, 6월 2013
이선호, 김진욱, 박근수, 백은옥, 박희진, Selenocysteine을 포함한 polypeptides의 단동위질량을 결정하는 실험, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2012한국컴퓨터종합학술대회 논문집 제39권 제1호(A), 397-399, 6월 2012
박윤곤, 조호성, 박희진, 네트워크 취약점 공격의 효율적인 탐지를 위한 Snort 규칙 분석과 개선, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2012한국컴퓨터종합학술대회 논문집 제39권 제1호(C), 304-306, 6월 2012
황승하, 홍성모, 조호성, 박희진, LL-알고리즘을 이용한 빠른 동위원소 분포 계산, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2012 가을 학술발표논문집 제39권 제2호(A), 254-256, 11월 2012
김재성, 안수한, 박희진, 효율적인 메모리 공간 사용과 구조적 정보에 기반한 표절 탐색 알고리즘 설계, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2012 가을 학술발표논문집 제39권 제2호(B), 304-306, 11월 2012
김동욱, 조호성, 박형서, 박희진, 백은옥, 펩타이드 동정에서 효율적인 픽피킹을 위해 가중이동평균을 이용한 질량 스펙트럼 스무딩 연구, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2012 가을 학술발표논문집 제39권 제2호(B), 301-303, 11월 2012
이명화, 조호성, 박형서, 박희진, 백은옥, 질량 스펙트럼에서 Peak picking의 정확도 향상을 위한 HY Smoothing 알고리즘, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2012 가을 학술발표논문집 제39권 제2호(B), 239-240 , 11월 2012
강민서, 정승용, 김현우, 박희진, 네트워크 침입 탐지 시스템을 위한 멀티쓰레딩 Aho-Corasick 패턴 매칭 알고리즘 비교, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2012 가을 학술발표논문집 제39권 제2호(C), 163-165, 11월 2012
정승용, 강민서, 김현우, 박희진,모바일 환경에서 네트워크 침입 탐지 시스템을 위한 저 메모리 Aho-Corasick 패턴 매칭 알고리즘 성능 개선, 한국정보과학회 2012 가을 학술발표논문집 제39권 제2호(C), 11월, 2012
박고은, 송가현, 박희진, 다중 패턴 매칭을 위한 변형된 wu-mander 알고리즘의 병렬화 및 성능분석, 한국정보과학회 가을 학술발표논문집(A) 38권 2호,320-321, 11월, 2011
안수한, 채용석, 박희진, 웹 검색 엔진을 위한 중복문서 검색 알고리즘 분석 및 비교, 한국정보과학회 가을 학술발표논문집(A) 38권 2호,341-344, 11월, 2011
조종길, 박희진, 네트워크 침입 탐지 시스템을 위한 Aho-Crasick 패턴 매칭 알고리즘 분석 및 멀티쓰레딩을 활용한 성능 향상, 한국정보과학회 가을 학술발표논문집(A) 38권 2호,345-348, 11월, 2011
김현우, 박희진, 백은옥, 탠덤 질량 분석 스펙트럼에서 추출된 갭을 포함하는 태그를 단백질 DB에서 검색하는 효율적인 알고리즘, 한국정보과학회 가을 학술발표논문집(A) 38권 2호,349-350, 11월, 2011
박형서, 박희진, 백은옥, Q-TOF 탠덤 질량 스펙트럼을 위한 효율적인 Peak Picking 알고리즘, 한국정보과학회 가을 학술발표논문집(B) 38권 2호,335-336, 11월, 2011
이은수, 박희진, 백은옥, Human Genome에서 MS/MS spectrum 동정을 위한 효율적인 Exon Graph 구축, 한국정보과학회 가을 학술발표논문집(B) 38권 2호,438-439, 11월, 2011
신성호, 박희진, 백은옥, MODf: 대규모 단백질 DB에서 효과적이고 빠르게 PTM을 동정하는 알고리즘, 한국정보처리학회 추계학술대회, 11월, 2010
이재준, 박희진, 백은옥, 대규모 단백질 서열 데이터베이스를 대상으로 하는 효과적인 후보 단백질 선정 알고리즘, 한국정보과학회 추계학술대회, 36권 2(B)호, 479-484, 11월, 2009
최인실, 조호성, 박희진, Decon2ls Peak Picking 알고리즘 성능 개선, 한국정보과학회추계학술대회, 35권 2(B)호, 501-505, 10월, 2008
이태규, 조호성, 박희진, SEQUEST Cross-Correlation의 선형시간 계산, 한국정보과학회추계학술대회, 35권 2(B)호, 496-500, 10월, 2008
서동우, 조호성, 박희진, gcd 연산을 이용한 조합 소수 검사 알고리즘의 분석 및 최적화, 한국컴퓨터종합학술대회 (KCC) 2007 34권 1(B)호, 476-481, 6월 2007.
강석훈, 박희진, 김동규, 소수 생성기의 효율적인 구현을 위한 HW/SW 통합설계, 한국멀티미디어학회 추계학술발표대회논문집, 8권 2호, 287-291, 2005
임승환, 김상욱, 박희진, 시계열 서브시퀀스 매칭을 위한 최적의 다중 인덱스 구성 방안, 한국컴퓨터종합학술대회(KCC) 2005, 193-195, 7월, 2005.
강석훈, 박상길, 박희진, 김동규, 소수 생성기의 효율적인 하드웨어 모듈 설계, 한국멀티미디어학회 춘계학술발표대회논문집, 8권 1호, 507-511, 2005
박상길, 박희진, 김동규, 소수 생성의 효율성을 분석하는 모델 설계, 한국멀티미디어학회 추계학술발표대회논문집, 7권 2호, 781-784, 2004
김도한, 박희진, 백은옥, Wildcard character를 포함하는 String Data 사이의 Subsumption 관계 확인을 위한 효율적인 알고리즘, 한국정보과학회추계학술대회, 712-714, 10월, 2004
조준하, 박희진, 김동규, 써픽스 배열을 구축하는 빠른 알고리즘, 한국정보과학회추계학술대회, 736-738, 10월, 2004
전정은, 박희진, 김동규, 써픽스 배열을 이용한 최장 공통 부분 스트링 계산, 한국정보과학회추계학술대회, 739-741, 10월, 2004
조준하, 박희진, 김동규, DNA 스트링에 효율적인 써픽스 배열 구축 알고리즘, 한국정보과학회춘계학술대회, 973-975, 4월, 2004
전정은, 박희진, 김동규, 효율적인 써픽스 배열 합병 알고리즘과 응용, 한국정보과학회춘계학술대회, 4월, 2004
김상태, 심정섭, 박희진, 박근수, 박현석, 서정선, Banded Smith-Waterman 알고리즘을 이용하여 정규화된 부분배치를 찾는 새로운 알고리즘, 592-594, 한국정보과학회추계학술대회, 10월, 2001
박희진, 박근수, 조유근, 윈도우 방법과 인수분해 방법을 혼합한 빠른 멱승 알고리즘, 한국정보과학회추계학술대회, 539-541, 10월, 2000.
박희진, 박근수, CREW PRAM에서 Red-black Tree 병렬알고리즘, 한국정보과학회추계학술대회, 1509-1512, 1995.